Die Lehre Sigmund Freuds fand zu Beginn des 20. Jahrhunderts wenig Anklang bei Psychiatern, Philosophen und Psychologen im wilhelminischen Deutschland, das von Max Eitingon als klassisches Land des Widerstands gegen die Psychoanalyse bezeichnet wurde. Der Beginn der deutschen psychoanalytischen Bewegung wird allgemein mit dem Jahr 1908 angesetzt, als der Psychiater Karl Abraham in Berlin einen Arbeitskreis für Psychoanalyse ins Leben rief. Seine Mitstreiter waren die Ärzte Magnus Hirschfeld, Iwan Bloch, Otto Juliusburger und Heinrich Körber; hinzu kamen später Max Eitingon und Mosche Wulff. Diese Berliner Psychoanalytische Vereinigung (BPV) bildete 1910 die erste Ortsgruppe der Internationalen Psychoanalytischen Vereinigung (IPV). Zu ihren Mitgliedern zählten 1911 vier Frauen: Mira Gincburg, Tatjana Rosenthal, Karen Horney und Margarete Stegmann. Nach der Gründung weiterer psychoanalytischer Ortsgruppen in Leipzig, Frankfurt und Hamburg wurde die BPV 1926 in Deutsche Psychoanalytische Gesellschaft (DPG) umbenannt. Eine seit 1911 bestehende Münchner Ortsgruppe der IPV um den Nervenarzt Leonhard Seif löste sich nach dem Bruch zwischen Sigmund Freud und Carl Gustav Jung wieder auf.
Ein weiteres wichtiges Datum in der Geschichte der deutschen Psychoanalyse war das Jahr 1920, als Ernst Simmel - Mitglied im Verein sozialistischer Ärzte -, Max Eitingon und Karl Abraham die psychoanalytische Poliklinik und Lehranstalt der BPV gründeten. Die Poliklinik war für die Aufnahme breiter Bevölkerungsschichten gedacht, die Patienten konnten die Kosten für ihre Therapie selbst bestimmen. Als Berliner Psychoanalytisches Institut (BPI) wurde diese Einrichtung zum Vorbild für alle weiteren psychoanalytischen Institutsgründungen. 1923 führte Eitingon erstmals verbindliche Standards für eine psychoanalytische Ausbildung ein, mit Theorieseminaren, obligatorischer Lehranalyse und Kontrollanalysen. Bereits ein Jahr später wurde die Psychoanalyse von den Krankenkassen als psychotherapeutische Behandlungsmethode anerkannt. Zusätzlich zur Poliklinik wurde 1927 in Berlin das psychoanalytische Sanatorium Schloss Tegel eröffnet, das bis zu seiner Schließung 1931 von Simmel geleitet wurde.
Obwohl Sigmund Freud ausdrücklich die psychoanalytische Ausbildung von sog. Laienanalytikern, also Nicht-Ärzten befürwortete, wurde von den Berliner Kandidat:innen in der Regel ein Medizinstudium verlangt. Zwar sollte es in Ausnahmefällen z. B. bei angehenden Kinderanalytikern möglich sein, dass an die Stelle der medizinischen eine pädagogische Vorbildung treten könne, und ab 1929 erkannten die Richtlinien - Freud zuliebe - die Ausbildung von Nicht-Ärzten sogar als gleichberechtigt an. In der Realität waren aber fast alle Kandidat:innen am BPI über die gesamte Weimarer Zeit hinweg Mediziner:innen. Für interessierte Lehrer- und Erzieher:innen wurde 1926 eine von Siegfried Bernfeld geleitete pädagogische Arbeitsgemeinschaft eingerichtet, die jedoch keine spezifische berufliche Qualifizierung vorsah.
Die DPG erfuhr nach dem Zusammenbruch der Donaumonarchie und der Etablierung des antisemitischen Horthy-Regimes in Ungarn einen Zustrom österreichischer und ungarischer AnalytikerInnen. So kamen aus Wien u. a. Hanns Sachs, Theodor Reik, Siegfried Bernfeld, Otto Fenichel und Wilhelm Reich, aus Budapest Sándor Radó, Therese Benedek, Franz Alexander, Jenö Harnik, Georg Gerö und Melanie Klein.
Die Reputation des Instituts, aber auch das intellektuelle Nachkriegsklima der deutschen Hauptstadt übten große Anziehungskraft auf Studenten des In- und Auslandes aus, so dass Berlin in den 1920er Jahren zum Mittelpunkt der internationalen psychoanalytischen Bewegung wurde. Ein Vortrag Abrahams über den weiblichen Kastrationskomplex im Jahr 1920 erwies sich für die Diskussion der weiblichen Sexualität als bahnbrechend. In der Folge entstanden die klassisch gewordenen Arbeiten zu diesem Thema von Karen Horney, Helene Deutsch, Melanie Klein, Josine Müller (alle Analysandinnen von Abraham), Therese Benedek und Lou Andreas Salomé.
Obwohl mit Karen Horney erstmals eine Frau in den Ausbildungsausschuss berufen worden war, herrschte im Berliner Institut eine patriarchalisch-hierarchische Struktur, weshalb sich einige jüngere Analytiker:innen und Ausbildungskandidat:innen 1924 zu einem inoffiziellen Diskussionszirkel zusammenschlossen, der von Otto Fenichel und Harald Schultz-Hencke geleitet und "Kinderseminar" genannt wurde. Innerhalb dieser heterogenen Gruppe bildete sich 1932 eine Fraktion marxistischer PsychoanalytikerInnen, die u. a. aus Otto Fenichel, Wilhelm und Annie Reich, Edith Glück-Gyömröi, Barbara Lantos und Edith Jacobssohn bestand. Von 1934 bis 1945 blieben die Mitglieder und Sympathisanten dieser Gruppe trotz Emigration durch die von Fenichel verschickten "Rundbriefe" miteinander in Kontakt.
In mehreren deutschen Städten etablierten sich psychoanalytische Arbeitsgemeinschaften. So entstanden 1927 die von Therese Benedek geleitete Leipziger Psychoanalytische Arbeitsgemeinschaft und 1932 die von August Watermann und Clara Happel ins Leben gerufene Hamburger Arbeitsgemeinschaft. Die Anerkennung einer von Hans von Hattingberg und anderen in den Jahren 1920 bis 1922 gebildeten IPV-Ortsgruppe in München scheiterte wegen Hattingbergs unorthodoxen Ansichten. 1922 gründete der in Stuttgart praktizierende Heinrich Meng zusammen mit Frieda Fromm-Reichmann und Erich Fromm die Südwestdeutsche Psychoanalytische Arbeitsgemeinschaft, die ihr Zentrum in Heidelberg hatte und an deren Veranstaltungen auch der "wilde Analytiker" Georg Groddeck teilnahm. Heinrich Meng wollte vor allem die Psychoanalyse zur Aufklärung der ärmeren Bevölkerungsschichten einsetzen. Die Südwestdeutsche Arbeitsgemeinschaft überlebte die Machtergreifung Hitlers nicht. Anders die "Stuttgarter psychoanalytische Arbeitsgruppe", die sich 1932 aus einem Kreis von praktizierenden Psychoanalytikern mit Ernst Schneider, Gustav Graber, Hermann Gundert, Erwin Hirsch und Felix Schottlaender entwickelte. Diese ging 1938, um einen jungianischen Arbeitskreis erweitert, in der Zweigstelle Württemberg und Baden des Deutschen Instituts für Psychologische Forschung und Psychotherapie ("Göring-Institut") auf.
In Frankfurt/Main ging aus der 1926 gegründeten, später mit der Südwestdeutschen identischen Frankfurter Psychoanalytischen Arbeitsgemeinschaft (mit Karl Landauer, Clara Happel, Erich Fromm, Frieda Fromm-Reichmann, Heinrich Meng, Ewald Roellenbleck und Franz Stein) 1929 das einzige weitere Lehrinstitut neben Berlin hervor: das Frankfurter Psychoanalytische Institut (FPI). Seine Leitung übernahmen Karl Landauer und Heinrich Meng. Das FPI verfügte durch seine Nähe zum Frankfurter Institut für Sozialforschung, an dem Theodor Adorno, Max Horkheimer, Herbert Marcuse und Erich Fromm lehrten, über eine Anbindung an die Universität. Der Schwerpunkt des FPI, das ab 1930 auch Kurse in Heidelberg abhielt, lag auf der theoretischen Verbindung von Marxismus und Psychoanalyse. Eine 1930 eröffnete angeschlossene Poliklinik, die Siegmund Heinrich Fuchs (später S. H. Foulkes) leitete, musste eineinhalb Jahre später aus Geldmangel wieder schließen.
Die Verleihung des Goethepreises der Stadt Frankfurt an Sigmund Freud im Jahr 1930 markierte einen Höhepunkt an öffentlicher Wertschätzung seiner Lehre in Deutschland. Drei Jahre später wurden seine Schriften "den Flammen übergeben". Die vielversprechende Entwicklung der deutschen Psychoanalyse brach jäh ab, als die Nationalsozialisten an die Macht kamen und die in der Mehrzahl jüdischen PsychoanalytikerInnen zur Emigration gezwungen wurden.
Nachdem die DPG anfangs eine Selbstauflösung erwogen hatte, verlegte sie sich ab 1933 unter Führung von Felix Boehm, Carl Müller-Braunschweig und Werner Kemper auf eine "Rettung" der deutschen Psychoanalyse - unterstützt durch den damaligen IPV-Präsidenten Ernest Jones und mit anfänglicher Billigung Freuds, der zu dem Zeitpunkt in erster Linie an der Ausschaltung "innerer Gegner" wie Wilhelm Reich und Harald Schultz-Hencke interessiert war. 1934 beschloss die DPG ein politisches Abstinenzgebot und untersagte ihren Mitgliedern, sich an illegalen politischen Aktivitäten zu beteiligen oder politisch engagierte Patienten zu behandeln. Gegen diese Verordnung verstießen z. B. Käthe Dräger und Edith Jacobssohn, indem sie sich Widerstandsgruppen anschlossen.
1935 wurden die verbliebenen jüdischen DPG-Mitglieder, unter ihnen Therese Benedek und Salomea Kempner, zu einem "freiwilligen" Austritt gedrängt. Die "arisierte" DPG hatte dann 1936 statt der 1932 gezählten 56 nur noch 15 Mitglieder. Insgesamt flohen etwa hundert PsychoanalytikerInnen und AusbildungskandidatInnen aus Deutschland. Die jüdischen DPG-Mitglieder Karl Landauer, August Watermann und Salomea Kempner wurden deportiert und ermordet, John Rittmeister, Institutsmitglied und Widerstandskämpfer, wurde 1943 hingerichtet.
1936 ging das Berliner Psychoanalytische Institut in dem neu gegründeten Deutschen (ab 1944 Reichs-) Institut für Psychologische Forschung und Psychotherapie auf, wo alle psychotherapeutischen Richtungen unter dem Dach der "Deutschen Seelenheilkunde" vereint waren. Dieses Institut hieß nach seinem Leiter, dem Nervenarzt und Adlerianer Mathias Heinrich Göring, einem Vetter des Reichsmarschalls Hermann Göring, auch Göring-Institut. Im November 1938 musste die DPG sich auflösen, und die Freudianer führten fortan als "Arbeitsgruppe A" bzw. (ab 1942) "Referentenkreis für Kasuistik und Therapie" im Göring-Institut ein Nischendasein.
Nach Kriegsende erfolgte der Wiederaufbau der DPG durch Felix Boehm, Carl Müller-Braunschweig, Werner Kemper und den Neoanalytiker Harald Schultz-Hencke. Kemper und Schultz-Hencke gründeten 1945 in Berlin das Institut für Psychopathologie und Psychotherapie (IPP), das im Jahr darauf von der Versicherungsanstalt Berlin übernommen und in Zentralinstitut für psychogene Erkrankungen der VAB umbenannt wurde. Direktor des Instituts war Werner Kemper, nach seiner Auswanderung 1948 nach Rio de Janeiro übernahm Schultz-Hencke die Leitung. Im Oktober 1945 wurde die Deutsche Psychoanalytische Gesellschaft (DPG) wieder gegründet, mit Carl Müller-Braunschweig als Erstem Vorsitzenden, und 1949 vorläufig in die IPV aufgenommen.
Nach dem Vorbild der schulenübergreifenden, "synoptischen" Ausbildung des Göring-Instituts gründeten Freudianer, Jungianer, Adlerianer und Neoanalytiker 1947 in Berlin das Institut für Psychotherapie e. V. (IfP), das Schultz-Hencke bis zu seinem Tod 1953 leitete. Zur Wahrung ihrer berufspolitischen Interessen schlossen sich Vertreter verschiedener psychotherapeutischer Richtungen 1949 in der Deutschen Gesellschaft für Psychotherapie und Tiefenpsychologie (DGPT) zusammen, die auch heute noch - um die Psychoanalyse und die Psychosomatik im Namen erweitert - als Dachverband in dieser Funktion existiert. Heute gibt es 60 Ausbildungsinstitute der DGPT, von diesen unterhält die DPV 13, die DPG 15, die DGAP (Jungianer) drei, und die DGIP (Adlerianer) sechs; hinzu kommen freie Institute.
Die Lagerkämpfe im Ringen um die Anerkennung durch die IPV führten bald zu einer Spaltung: In Abgrenzung zu der schon von Freud bekämpften Neoanalyse Schultz-Henckes und als vermeintlich unbelasteter Neubeginn gründete Carl Müller-Braunschweig 1950 mit Vertreter:innen einer klassisch-freudianischen Position - darunter Käthe Dräger, Ingeborg Kath und Margarete Steinbach - die Deutsche Psychoanalytische Vereinigung (DPV). 1951 nahm unter seiner Leitung das Berliner Psychoanalytische Institut (BPI) die Ausbildung wieder auf, seit 1970 führt es den Namen Karl-Abraham-Institut. Die DPV wurde 1951 auf dem Amsterdamer Psychoanalytischen Kongress in die IPV aufgenommen, gleichzeitig verlor die von Felix Boehm geführte DPG ihre provisorische Mitgliedschaft wegen ihrer mangelnden Distanzierung von der Neoanalyse. IPV-Mitglied wurde danach nur, wer seine Ausbildung bei der DPV erhalten hatte. Nachdem sich DPG und DPV jahrzehntelang spinnefeind gegenüberstanden, kam es in den 1990er Jahren zu einer Annäherung zwischen ihnen. 2001 wurde die DPG zunächst Provisorische Gesellschaft und 2009 Zweiggesellschaft der IPV.
Die vorherrschende Lehrmeinung in der DPV, zunächst orthodox freudianisch, orientierte sich mit der Zeit an der in England und den USA weiterentwickelten Ich-Psychologie Heinz Hartmanns und Anna Freuds, während die DPG lange von der Neoanalyse Schultz-Henckes geprägt war. Erst in den 1960er Jahren suchte die DPG den Anschluss an die internationalen Weiterentwicklungen der Psychoanalyse und öffnete sich den in der IPV vertretenen klassischen und postklassischen Ansätzen, während neoanalytische Positionen aus der psychoanalytischen Diskussion immer mehr verschwanden. Allgemein lässt sich feststellen, dass die Ich-Psychologie die vorherrschende theoretische und klinische Richtung der Deutschen Psychoanalyse in den 1950er und 1960er Jahren war. Andere psychoanalytische Ansätze wie z. B. die Objektbeziehungstheorien konnten erst später Fuß fassen. Die Klein'sche Schule wurde erst Mitte der 1980er Jahre in Deutschland rezipiert.
Aufs Neue entstanden nach Kriegsende in mehreren westdeutschen Städten psychoanalytische Arbeitsgruppen und Institute. In München wurde von Adlerianern, Jungianern und Fritz Riemann als einzigem Freudianer (als Analysand von Schultz-Hencke mit Einschränkung) das Institut für Psychologische Forschung und Psychotherapie gegründet und 1946 von der amerikanischen Militärregierung genehmigt. Das Institut verstand sich als Nachfolger des Göring-Instituts und der synoptischen Tiefenpsychologie. Erst die 1974 erfolgte Umbenennung in Akademie für Psychoanalyse und Psychotherapie München setzte den Akzent anders. Um eine authentische psychoanalytische Alternative zum Riemannschen Institut ging es in den 1950er und 1960er Jahren zwei privaten Arbeitskreisen um Johannes Cremerius bzw. Fritz Friedmann. TeilnehmerInnen des Friedmann-Kreises, unter ihnen Lotte Köhler, gründeten 1973 die Psychoanalytische Arbeitsgemeinschaft München (PAM) als Institut der DPV, das 2014 in Münchner Psychoanalytische Vereinigung (MPV) umbenannt, zwei Jahre später jedoch geschlossen wurde. Seitdem ist die DPV in München nicht mehr vertreten. Eine weitere Gruppe, die 1974 aus Günter Ammons Deutscher Akademie für Psychoanalyse hervorgegangene Münchner Arbeitsgemeinschaft für Psychoanalyse (MAP), entwickelte sich zu einem Weiterbildungsinstitut für Ärzte und Psychologen.
Die synoptische Tiefenpsychologie vertraten auch die Mitglieder der 1946 gegründeten Arbeitsgruppen für Psychotherapie in Tübingen und in Stuttgart. Jungianer und Freudianer der Stuttgarter Arbeitsgruppe für Psychotherapie - im wesentlichen Mitglieder der früheren Zweigstelle Württemberg und Baden des Göring-Instituts - gründeten 1948 das Stuttgarter Institut für Psychotherapie und Tiefenpsychologie, das von dem Gedanken einer "fruchtbaren Begegnung der Schulen" von Freud, Jung und der Daseinsanalyse getragen war. Mit einer solchen Synopsis verband sich zugleich eine Kritik am Freudschen "Triebmechanismus". Geführt von Wilhelm Bitter und den DPG-Mitgliedern Felix Schottlaender (der 1952 aus der DPG austrat) und Hermann Gundert, entwickelte sich das Stuttgarter Institut bald zum zweitgrößten psychotherapeutischen Ausbildungszentrum nach Berlin. 1970 wurde das Stuttgarter Institut in Stuttgarter Akademie für Tiefenpsychologie und analytische Psychotherapie umbenannt.
Unter dem Dach der Stuttgarter Akademie organisierten sich die 1971 aus einer Gruppe um Wolfgang Loch hervorgegangene Psychoanalytische Arbeitsgemeinschaft Stuttgart-Tübingen der DPV, heute Institut für Psychoanalyse Stuttgart-Tübingen, das Institut für Psychoanalyse der DPG Stuttgart und das Lehr- und Forschungsinstitut "Stuttgarter Gruppe", heute Psychoanalytisches Institut Stuttgart. Ebenfalls 1971 erhielt Loch ein persönliches Ordinariat für Psychoanalyse an der Medizinischen Fakultät der Universität Tübingen. Eine Gruppe von Jungianern um Wilhelm Bitter gründete außerhalb der Stuttgarter Akademie 1971 das Stuttgarter C. G. Jung-Institut.
In Freiburg bildete sich 1962 um Wolfgang Auchter eine psychoanalytische Arbeitsgruppe, aus der in Zusammenarbeit mit Johannes Cremerius 1974 ebenfalls eine offizielle Ausbildungsstätte der DPV entstand, das Psychoanalytische Seminar Freiburg. Ein Institut der DPV wurde 1967 auch an der Ulmer Universität gegründet und stand bis 1990 unter der Leitung von Hans Thomä.
1955 formierte sich die Hamburger Psychoanalytische Arbeitsgemeinschaft (HPA) der DPV mit Ulrich Ehebald und Wolf Grodzicki als Lehranalytiker. Als sich der DPV-Vorsitzende Gerhart Scheunert in Hamburg niederließ, entstand 1960 das Hamburger Psychoanalytisches Institut, das 1974 im Michael-Balint-Institut aufging. Nachfolgerin der HPA wurde 1990 die Psychoanalytische Arbeitsgemeinschaft Hamburg (PAH). Eine weitere Psychoanalytische Arbeitsgemeinschaft der DPV entstand Anfang der 1970er Jahre in Köln-Düsseldorf um Edeltraud Meistermann-Seeger, die Mitherausgeberin des seit 1960 erscheinenden DPV-Organs Jahrbuchs der Psychoanalyse. Horst Eberhard Richter, DPV-Mitglied und bis dahin Leiter des BPI, folgte 1962 einem Ruf nach Gießen und baute dort ein psychoanalytisches Institut auf, wo zu Beginn der 1970er Jahre kritische Reformideen der Studentenbewegung aufgegriffen wurden. (Siehe auch Institute der DPV)
Ausbildungsstätten der DPG neben ihrer Arbeitsgruppe am IfP in Berlin - aus der 2000 das Psychoanalytische Institut Berlin (PaIB) hervorging - entstanden unter anderem in Göttingen und in Hannover. Von Göttingen aus leitete Werner Schwidder zwischen 1959 und 1970 die DPG, er war 1954 Mitgründer des Göttinger Instituts für Psychoanalyse und Psychotherapie, das 1994 in Lou Andreas-Salomé-Institut umbenannt wurde. In Hannover gründete Hans Alfken 1951 nach dem Vorbild der Londoner Tavistock-Klinik das Psychotherapeutische Institut mit Erziehungsberatungsstelle für das Land Niedersachsen (Child Guidance Clinic), das später mehrfach seinen Namen wechselte. Hier wirkten Ina Böhlendorf und Ilsabe von Viebahn, die sich beide maßgeblich am Aufbau des 1965 eröffneten Lehrinstituts für Psychoanalyse und Psychotherapie in Hannover beteiligten. (Siehe auch Institute der DPG).
Ein von der Kollaboration mit den Machthabern der NS-Zeit unbelasteter Neubeginn der deutschen Psychoanalyse nach 1945 ist vor allem mit den Namen Alexander Mitscherlichs und seiner Frau Margarete Mitscherlich-Nielsen, den AutorInnen des Buchs Die Unfähigkeit zu trauern, verbunden. Alexander Mitscherlich rief 1947 gemeinsam mit Felix Schottlaender und Hans Kunz die Zeitschrift Psyche. Zeitschrift für Psychoanalyse und ihre Anwendungen ins Leben. 1949 gründete er die psychoanalytisch ausgerichtete Abteilung für Psychosomatische Medizin der Klinischen Universitätsanstalten Heidelberg, und 1960 wurde Mitscherlich - nachdem er ordentliches Mitglied und Lehranalytiker der DPV geworden war - Direktor des im April gleichen Jahres in Frankfurt eröffneten Instituts und Ausbildungszentrums für Psychoanalyse und Psychosomatik, das seit 1964 Sigmund-Freud-Institut (SFI) heißt und das er bis 1976 leitete.
Dieses Institut, das mit Namen wie Tobias Brocher, Clemens de Boor, Hermann Argelander, Alfred Lorenzer, Klaus Horn und Helmut Dahmer verbunden ist, stand durch seine Nähe zu dem wieder errichteten, von Horkheimer und Adorno geführten Frankfurter Institut für Sozialforschung für eine gesellschaftskritische und kulturtheoretische Forschungsrichtung. Das SFI war das größte Ausbildungsinstitut der DPV, bis es 1995 in ein reines Forschungsinstitut umgewandelt wurde. Die im SFI ausgebildeten Analytiker:innen hatten sich 1980 zur Frankfurter Psychoanalytischen Vereinigung zusammengeschlossen, aus der 1995 das Frankfurter Psychoanalytische Institut (FPI) als neue Ausbildungseinrichtung der DPV hervorging.
Auf dem Hintergrund des sich verändernden politischen und kulturellen Klimas zur Zeit der 68er Studentenbewegung nahm das Interesse an der Psychoanalyse deutlich zu. Die studentische Linke interessierte sich besonders für die freudomarxistischen Klassiker Wilhelm Reich, Erich Fromm, Ernst Simmel und Siegfried Bernfeld. Es gelang der Psychoanalyse aber nicht, nachhaltig an deutschen Universitäten Fuß zu fassen.
Eine Ausnahme bildet das Institut für Psychoanalyse am Fachbereich Psychologie der Frankfurter Goethe-Universität, das 1972 im Gefolge der Studentenbewegung aus einem Lehrstuhl Alexander Mitscherlichs entstand. Geleitet wurde es zunächst von Mitscherlich, dann ab 1977 von Hermann Argelander und von 1987 bis 2002 von Christa Rohde-Dachser. Als Arbeitsbereich Psychoanalyse des Instituts für Psychologie wurde es bis 2022 von dem Psychoanalytiker Tilmann Habermas geleitet. Im Zusammenhang mit Habermas' Emeritierung wurde der Arbeitsbereich abgeschafft, womit eine der letzten beiden - neben dem von Cord Benecke besetzten Lehrstuhl an der Universität Kassel - psychoanalytisch ausgerichteten Professuren der Klinischen Psychologie in Deutschland verschwand (siehe Studentische Interesseninitiative Psychoanalyse an der Goethe-Universität). Als Reaktion auf die Verdrängung der Psychoanalyse durch die behavioristische bzw. kognitivistische Verhaltenstherapie gründete Christa Rohde-Dachser gemeinsam mit Jürgen Körner 2009 eine eigene private Hochschule für Psychoanalyse, die Internationale Psychoanalytische Universität Berlin.
Der Bedeutungszuwachs, den die Psychoanalyse in den 1980er Jahren durch die Theorie des französischen Psychoanalytikers Jacques Lacan erfuhr, berührte die psychoanalytische Praxis in Deutschland wenig. Die Lacan-Rezeption beschränkte sich vor allem auf philosophische und literaturwissenschaftliche Kreise. Besser stand es mit der Verankerung der Psychoanalyse als Heilmethode: Sie war nach dem Krieg die erste Psychotherapie, die 1967 dank der Studien von Annemarie Dührssen von den gesetzlichen Krankenkassen anerkannt wurde. Mit der Medizinalisierung und der Orientierung am Berufsbild des Facharztes droht jedoch das kulturkritische Potential der Freudschen Lehre in Vergessenheit zu geraten. Dass sich die Selbst- und Narzissmustheorie Heinz Kohuts, die sich auf die inneren Prozesse des Individuums konzentriert, als dominierende Lehrmeinung etablieren konnte, hat Kritikern zufolge diese Entwicklung noch gefördert.
Nachdem die IPV es abgelehnt hatte, den Internationalen Psychoanalytischen Kongress 1981 in Berlin stattfinden zu lassen, setzte Anfang der 1980er Jahre in der deutschen Psychoanalyse eine intensive Auseinandersetzung mit ihrer Geschichte während der NS-Zeit ein. Einen Höhepunkt bildete die Begleitausstellung "Hier geht das Leben auf eine sehr merkwürdige Weise weiter..." zum 34. Internationalen Psychoanalytischen Kongress, der 1985 in Hamburg erstmals nach dem Zweiten Weltkrieg wieder auf deutschem Boden stattfand.
In der sozialistischen Deutschen Demokratischen Republik wurde die Psychoanalyse wie in der Sowjetunion für antihuman, wissenschaftsfeindlich und gesellschaftspolitisch untragbar erklärt und offiziell weder gelehrt noch praktiziert. Medizin, Biologie, Psychologie, Pädagogik, Sprachwissenschaft und Philosophie erfuhren eine ideologische Festlegung auf die Reflextheorie des russischen Physiologen Iwan Petrowitsch Pawlow. Später trat an die Stelle der klassischen Reflexlehre die Orientierung an der Tätigkeitstheorie der Kulturhistorischen Schule. Seit den 1960er Jahren wurden in der DDR praktisch alle international anerkannten psychotherapeutischen Methoden praktiziert, wenn auch sprachgeregelt.
Einen gewissen Einfluss hatte die Neoanalyse Schulz-Henckes, dessen Rückführung der Psychoanalyse auf "das Beobachtbare" der Forderung nach einer materialistisch fundierten Psychologie ebenso entgegenkam wie seine Ablehnung der Libidotheorie. Eine Berufung auf den Lehrstuhl für Psychotherapie nach Greifswald lehnte Schulz-Hencke 1947 aber ab. Unter den wenigen Psychoanalytikern, die nach der Teilung in der DDR geblieben waren, war Alexander Mette, ein Lehranalysand von Therese Benedek und Mitglied der DPG (bis 1954) und der KPD. Er zog jedoch der Ausübung seines Berufs als Analytiker eine Karriere in der Gesundheitspolitik vor.
Eine Wiederbelebung der Psychoanalyse in Ostdeutschland signalisierte das 1989 unmittelbar vor dem Mauerfall an der Universität Leipzig abgehaltene Freud-Symposium. 1990 begann die Re-Institutionalisierung der Psychoanalyse mit der Gründung regionaler Ausbildungsinstitute: des Sächsischen Instituts für Psychoanalyse und Psychotherapie – Therese Benedek in Leipzig (seit 2008 Ausbildungsinstitut der DPV), des Instituts für Psychotherapie und Angewandte Psychoanalyse Jena, der Brandenburgischen Akademie für Tiefenpsychologie und analytische Psychotherapie in Cottbus und des Instituts für Psychotherapie und Psychoanalyse Mecklenburg-Vorpommern in Rostock. 1999 folgte die Gründung des Instituts für Psychoanalyse und Psychotherapie Magdeburg der DPG.