Als Sigmund Freud 1904 die Akropolis besichtigte, war kein griechischer Anhänger da, um ihn Willkommen zu heißen. Erst ab 1915, als der Sprachwissenschaftler Manolis Triandaphyllides eine Arbeit über Sprache und Psychoanalyse veröffentlichte, begannen griechische Intellektuelle und Schriftsteller sich für die Ideen Freuds zu interessieren. Der Pädagoge Demetrios Moraitis, der wie viele andere Pädagogen die Individualpsychologie Alfred Adlers den Sexualtheorien Sigmund Freuds vorzog, gründete 1930 eine Gesellschaft für Analytische Psychologie und eine Zeitschrift zu diesem Thema.
Wichtige Impulse für die Etablierung der Psychoanalyse in Griechenland gingen von Frankreich aus. So hatte der erste griechische Psychoanalytiker, der surrealistische Dichter Andreas Embirikos, seine psychoanalytische Ausbildung in Paris bei René Laforgue erhalten, bevor er 1931 nach Athen zurückkehrte und dort als Analytiker zu praktizieren begann. Einer seiner Analysanden, der in Frankreich ausgebildete Psychiater Demetrios Kouretas, war der erste Arzt in Griechenland, der die Psychoanalyse lehrte und anwendete. Ein weiterer Pionier war der Kinderpsychiater George Zavitzianos, der eine Analyse bei Édouard Pichon in Paris gemacht hatte.
Von 1946 an verbrachte die französische Psychoanalytikerin Marie Bonaparte, die seit 1907 mit Prinz Georg von Griechenland verheiratet war, mehrere Winterhalbjahre in Athen. Unter ihrem Vorsitz gründeten Embirikos, Zavitzianos und Kouretas die erste griechische psychoanalytische Studiengruppe, die sich anlässlich des Besuchs von Anna Freud 1949 in Athen offiziell konstituierte. Die Gruppe wurde 1950 der Société Psychanalytique de Paris angegliedert, löste sich jedoch bereits im Folgejahr wieder auf - u. a. auch wegen des Widerstands der Ärzte gegen die psychotherapeutische Tätigkeit des "Laienanalytikers" Embirikos.
Nach Embirikos' und Zavitzianos' Weggang aus Griechenland blieb Demetrios Kouretas als einziger Repräsentant der griechischen Psychoanalyse zurück. Er wurde 1961 zum Professor für Psychiatrie an der Universität Athen ernannt und widmete sich besonders der Beziehung zwischen Psychoanalyse und griechischer Antike. In den 1950er Jahren engagierten sich außer ihm besonders der in Paris ausgebildete Psychiater Panagiotis Sakellaropoulos und die Psychologin Anna Potamianou für die Psychoanalyse in Griechenland. Potamianou gründete 1956 in Athen das Centre of Mental Health and Research (CMHR), die erste reformpsychiatrische Institution Griechenlands, deren Arbeit durch regelmäßige Supervisionen und Seminare von Serge Lebovici und René Diatkine unterstützt wurde. Nach dem Obristenputsch von Georgios Papadopoulos 1967 kam das CMHR unter staatliche Aufsicht.
Ein neuerlicher Versuch, die Psychoanalyse in Griechenland zu etablieren, fand in den 1970er Jahre statt, als auf Initiative des IPA-Pr&äsidenten Serge Lebovici ein Committee for the Promotion of Psychoanalysis in Greece and Yugoslavia gegründet wurde. Begünstigt auch durch die politische Liberalisierung in Griechenland führte dies Anfang der 1980er Jahre zum Erfolg. 1981 bildeten die im Ausland ausgebildeten PsychoanalytikerInnen Athina Alexandris, Peter Hartocollis (der 1980 auf den ersten Lehrstuhl für Psychiatrie an der Universität Patras berufen wurde), Panagiotis Sakellaropoulos, Anna Potamianou und Stavroula Beratis eine griechische psychoanalytische Arbeitsgruppe, die 1982 von der IPA anerkannt wurde. Ihre Arbeit wurde unterstützt durch ein Sponsoring Committee der IPA. 1987 verließen Alexandris und Sakellaropoulos die Gruppe, weil sie die formalen Bedingungen der IPA für die Ernennung zum Lehranalytiker ablehnten.
1997 wurde die in Athen angesiedelte Hellenic Psychoanalytic Study Group als Ελληνικη Ψυχαναλυτικη Εταιρεια (ΕΨΕ) [Hellenic Psychoanalytical Society] provisorisch und 2001 als Zweiggesellschaft in die IPA aufgenommen. Alle vier Jahre findet das International Psychoanalytic Symposium of Delphi statt, das der Beziehung der Psychoanalyse zur griechischen Antike und ihren Mythen gewidmet ist. Derzeitiger Präsident der ΕΨΕ ist Ioannis Vartzopoulos.