Pioniere der psychoanalytischen Bewegung in Israel waren die Psychiater und Psychoanalytiker Montague David Eder aus London und Dorian Feigenbaum aus Wien, die im Zuge der zionistischen Besiedlung 1920 die erste psychoanalytische Gruppe in Jerusalem gründeten. David Eder, der bereits 1913 in England die erste psychoanalytische Vereinigung mitgegründet hatte, kam 1918 als politischer Sekretär einer zionistischen Kommission nach Jerusalem. Feigenbaum war 1920 nach Palästina ausgewandert und leitete als medizinischer Direktor die psychiatrische Anstalt Ezrat Nashim in Jerusalem. Ezrat Nashim war 1895 von der gleichnamigen wohltätigen jüdischen Frauenvereinigung als erste Einrichtung für psychisch Kranke in Palästina gegründet worden.
Um die beiden Analytiker bildete sich 1920 eine Gruppe von Leuten, die sich für das Werk Sigmund Freuds interessierten, zu ihnen gehörten unter anderen die Pädagogin Grete Obernik-Reiner und Dorian Feigenbaums Bruder, der Augenarzt Arieh Feigenbaum. Dorian Feigenbaum und David Eder verließen das Land jedoch bald wieder, Eder kehrte 1922 nach England zurück und Feigenbaum ging 1924 nach New York.
Die Institutionalisierung der psychoanalytischen Bewegung in Israel begann erst in den 1930er Jahren mit der Vertreibung jüdischer PsychoanalytikerInnen aus dem nationalsozialistischen Deutschland und deren Emigration nach Palästina. Initiator war Max Eitingon, ein enger Mitarbeiter Sigmund Freuds und Leiter des Berliner Psychoanalytischen Instituts, der sich nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten 1933 zur Emigration nach Palästina gezwungen sah. Bereits Ende 1933 verkündete er in einem Rundbrief an Freuds Geheimes Komitee die Gründung der Palästinensischen Psychoanalytischen Vereinigung Chewrah Psychoanalytith b'Erez Israel (CPEI) in Tel Aviv. Im Mai 1934 - zu Sigmund Freuds Geburtstag - nahm die CPEI offiziell ihre Arbeit auf, und im Oktober desselben Jahres wurde in Jerusalem das Lehrinstitut der CPEI mit angegliederter Poliklinik eröffnet. 1937 folgte die Gründung des Eder-Instituts in Tel Aviv durch David Idelsohn, Martin Pappenheim und Mosche Wulff.
Die sechs GründerInnen Max Eitingon, Ilja Schalit, Anna Smeliansky, Mosche Wulff, Martin Pappenheim und Kilian Blum gehörten alle bis auf Pappenheim, der Mitglied der Wiener Psychoanalytischen Vereinigung (WPV) war, der Deutschen Psychoanalytischen Gesellschaft (DPG) an. Vier von ihnen, Eitingon, Schalit, Smeliansky und Wulff, stammten aus Russland. Mosche Wulff hatte 1922 die Russische Psychoanalytische Vereinigung mitgegründet, war 1927 von Moskau nach Berlin übergesiedelt und 1933 nach Tel Aviv emigriert. Hinzu kam später Fanny Lowtzky als das fünfte deutschsprachige Mitglied russischer Herkunft.
Im Laufe der 1930er Jahre emigrierten weitere PsychoanalytikerInnen aus Deutschland und Österreich nach Palästina: Lilli Peller-Roubiczek (WPV), Margarete Brandt, Eitingons Lehranalysandin aus Berlin, Shmuel (Goldschein) Golan, David Idelsohn, Erich Gumbel (der erste Ausbildungskandidat des Jerusalemer Instituts), Daniel Dreyfuß, Gershon und Gerda Barag, Josef Friedjung (WPV), Berta Grünspan (WPV), Fanja Lowtzky (DPG) und Heinrich Zvi Winnik (WPV). Hinzu kam Margarete Obernik-Reiner, die schon länger in Palästina lebte und bereits der Eder/Feigenbaum-Gruppe angehört hatte.
Eitingon, erster Präsident der CPEI, leitete die Ausbildung in Jerusalem, Wulff in Tel Aviv und Schalit in Haifa. Nach Eitingons Tod 1943 übernahm Margarete Brandt die Leitung des Lehrinstituts, das im gleichen Jahr in Max Eitingon Institute of Psychoanalysis umbenannt wurde, und Wulff wurde Präsident der CPEI. Auf ihn folgte Mitte der 1950er Jahre Erich Gumbel, der mit kurzen Unterbrechungen über zwei Jahrzehnte lang der Israelischen Vereinigung vorstand und deren Entwicklung wesentlich mitprägte.
In den 1920er Jahren waren es vor allem Pädagogen, die von dem marxistisch inspirierten reformpädagogischen Ansatz des österreichischen Psychoanalytikers Siegfried Bernfeld beeinflusst waren, die den Boden für die Psychoanalyse in Palästina bereiteten. Zu ihnen gehörten David Idelsohn und Shmuel Golan, die an der Entwicklung eines neuartigen Schulsystems in der Kibbuz-Bewegung beteiligt waren und später in Berlin und Wien eine psychoanalytische Ausbildung machten. Die Kibbuzim versuchten, psychoanalytisches Wissen für eine progressive Erziehung und bessere menschliche Beziehungen im Sinne der zionistisch-sozialistischen Weltanschauung einzusetzen.
Da die Psychoanalyse in Palästina in erster Linie Lehrer, Fürsorger und ähnliche Berufe erreichte, bildete die Beschäftigung mit psychoanalytischer Pädagogik einen Schwerpunkt der CPEI. Zu den ersten pädagogischen Institutionen, die auf psychoanalytische Beratung setzten, gehörte neben den Kibbuzim die von Henrietta Szold geleitete "Jugend-Aliyah", die Einwanderungsabteilung für Kinder und Jugendliche der Jewish Agency. Auf Eitingons Anregung hin betreute der Wiener Kinderarzt und Analytiker Josef Friedjung von 1940 bis 1945 die Jugendgruppen dieser Organisation. Von den Psychoanalytikern, die mit der Kibbuz-Bewegung zusammenarbeitete, ist besonders Shmuel Golan zu erwähnen, Mitglied der CPEI und Mitgründer des Kibbuz-Verbandes Artzi. Als Leiter des zentralen Erziehungskomitees von Artzi setzte er sich für die Umsetzung psychoanalytischer Konzepte in der Kibbuz-Erziehung ein.
Während der 1940er und Anfang der 1950er Jahre engagierten sich besonders Martin Pappenheim, Fanny Lowtzky, Ilja Schalit und Mosche Wulff in der Psychohygiene- bzw. Mental Hygiene-Bewegung, deren Ziel die Prophylaxe von psychischen Krankheiten durch Beratung und Aufklärung der Bevölkerung war. Zu den Leitmotiven der Psychohygiene zählte auch der eugenische Gedanke. Von 1940 an bot Fanny Lowtzky am Palestine Psychoanalytic Institute ein psychoanalytisches Seminar für Lehrer an. Dieses Seminar wurde von der Hadassah Medical Organisation finanziell gefördert und führte 1942 zur Gründung der Palestine Association for Mental Hygiene, deren Vorsitz Pappenheim übernahm.
1948, im Jahr der Gründung des Staates Israel, wurde die Palästinensische Psychoanalytische Vereinigung in Chewrah Psychoanalytith b'Israel bzw. (nach neuerer Transkription) Hahevra Hapsychoanalitit Be-Israel (HHBI) / Israel Psychoanalytic Society umbenannt. War die Israelische Vereinigung bis Ende der 1940er Jahre noch stark von ihrem deutsch-österreichischem Hintergrund geprägt - Deutsch war die Sprache, in der wissenschaftliche Sitzungen, Lehrveranstaltungen und die meisten Analysen abgehalten wurden -, so änderte sich dies, als mit der Umbenennung Hebräisch und Englisch zu Geschäftssprachen der Vereinigung wurden. Seit Beginn der 1950er Jahre nahm vor allem der Einfluss der amerikanischen Psychoanalyse zu, befördert durch Gastdozenten aus den USA wie durch die Ernennung amerikanischer Analytiker als "Corresponding Members" der HHBI in den USA ab 1963.
Nachdem Milton Rosenbaum 1953 die Abteilung für Psychiatrie an der Medizinischen Fakultät der Hebrew University aufgebaut und dort die Psychoanalyse eingeführt hatte, interessierten sich immer mehr Ärzte für eine psychoanalytische Ausbildung. In den 1970er Jahren betrug das Verhältnis von Medizinern zu nicht-ärztlichen Mitgliedern bereits 2:1, was der HHBI verstärkte Auseinandersetzungen um die "Laienanalyse" bescherte. Erst in den 1990er Jahren kehrte sich dieses Verhältnis wieder um. Die ersten PsychoanalytikerInnen, die in Israel ein psychiatrisches Krankenhaus leiteten, waren in den 1950er Jahren Heinrich Winnik und Ruth Jaffe, eine Schülerin Wulffs.
Ein besonderes Anliegen Eitingons und Freuds war die Einrichtung eines Lehrstuhls für Psychoanalyse an der Hebrew University. Zwar lehrten dort in den 1950er Jahren Psychoanalytiker an der Medizinischen Fakultät, aber zu einer eigenen Professur kam es erst 1977, als dank der Initiative von Martin Wangh auf dem 30. IPA-Kongress in Jerusalem der Sigmund-Freud-Lehrstuhl eingeweiht wurde. Diesem aus Spenden von IPA-Mitgliedern finanzierten Lehrstuhl, dessen erster Inhaber Joseph Sandler aus London war, ist das Sigmund Freud Center for Study and Research in Psychoanalysis angegliedert.
Bis in die 1960er Jahre setzte sich die israelische Gesellschaft kaum öffentlich mit der Shoah auseinander. Israelische Psychiater erkannten lange keinen Kausalzusammenhang zwischen Shoah-Trauma und dem psychischen Zustand der Überlebenden, bis 1956 eine Untersuchung der Psychoanalytikerin Gerda Barag über Spätfolgen bei KZ-Befreiten hier einen Wandel einleitete. In den 1980er Jahren befassten sich israelische Psychiater und PsychoanalytikerInnen vermehrt mit den Traumafolgen bei Shoah-Überlebenden und deren Nachkommen. HHBI und Freud Center organisierten einen Dialog zwischen israelischen und deutschen Analytikern, für den sich besonders Hillel Klein, selbst ein Auschwitz-Überlebender, einsetzte. - Ein weiteres wichtiges Betätigungsfeld bildet die Erforschung und Behandlung der psychischen Folgen des israelisch-arabischen Konflikts und der daraus resultierenden Kriege.
Die Israel Psychoanalytic Society ist Mitglied der International Psychoanalytical Association und der European Psychoanalytical Federation. Sie hatte in den 1950er und 1960er Jahren zwischen 21 und 27 Mitglieder und umfasst heute an die 200 Mitglieder - bei einer Bevölkerung von rund 7,6 Millionen Einwohnern.