Die Geschichte der psychoanalytischen Bewegung in den Niederlanden begann im Jahr 1905, als der niederländische Psychiater August Stärcke nach der Lektüre der Traumdeutung mit Sigmund Freud Kontakt aufnahm. Er wurde 1911 Mitglied der Wiener Psychoanalytischen Vereinigung (WPV) und übersetzte Freuds Werke ins Holländische. Ein weiterer Pionier war der Psychiater Jan van Emden, der eine Analyse bei Freud machte, Mitglied der WPV wurde und in Holland eine Gruppe psychoanalytisch Interessierter um sich sammelte. 1917 gründeten Stärcke und van Emden zusammen mit den Psychiatern Johan van Ophuijsen und Gerbrandus Jelgersma, dem Hypnosearzt Albert Willem van Renterghem, dem Neurologen A. van der Chijs und weiteren sieben Ärzten in Amsterdam die Nederlandse Vereniging voor Psychoanalyse (NVPA) als Zweiggesellschaft der IPV. Sechs Gründungsmitglieder hatten eine psychoanalytische Ausbildung absolviert, davon fünf bei Carl Gustav Jung, doch nur einer von ihnen, Johannes Hermanus van der Hoop, blieb Jungianer und sorgte so für Konflikte in der NVPA. Nach dem Ersten Weltkrieg wurden die Niederlande als neutrales Land für den ersten Internationalen Psychoanalytischen Kongress ausgewählt, der 1920 in Den Haag stattfand.
Zu Kontroversen kam es Anfang der 1920er Jahre über Fragen der Ausbildung und der "Laienanalyse" - die NVPA erkannte bis 1938 nur Ärzte als ordentliche Mitglieder an. Jelgersma, der zwar eine liberale Aufnahmepraxis befürwortete, jedoch ausschließlich für Mediziner, rief 1920 in Leiden die Leidsche Vereniging voor Psychoanalyse en Psychopathologie ins Leben, die seit 1934 Nederlands Psychoanalytisch Genootschap (NPG) hieß. Der NVPA-Präsident van Ophuijsen, der für die Laienanalyse und eine dreigliedrige Ausbildung entsprechend den Regeln der IPV eintrat, gründete 1930 nach Berliner Vorbild in Den Haag ein erstes Institut für Psychoanalyse, das jedoch nur bis 1932 bestand. Seit 1928 gab es in Amsterdam die erste psychoanalytisch orientierte Child Guidance Clinic, Medisch Opvoedkundig Bureau (MOB), die von Nel Tibout geleitet wurde. Nachdem Jelgersma 1930 seinen Lehrstuhl an der Universität Leiden aufgegeben hatte, verfügte die niederländische Psychoanalyse über kein universitäres Standbein mehr.
Mit der Ankunft der vor den Nationalsozialisten geflohenen AnalytikerInnen - darunter Theodor Reik, Karl Landauer und Annie Angel - verschärften sich die Konflikte. Während eine Gruppe holländischer Analytiker, angeführt von van Ophuijsen und bestärkt durch Ernest Jones und die IPV, die Integration der Flüchtlinge befürwortete, lehnte dies eine andere Gruppe um A. J. Westerman Holstijn aus unterschiedlichen - auch antisemitischen - Motiven ab. Van Ophuijsen unterlag und gründete 1933 in Den Haag die Vereniging voor Psychoanalytici in Nederland (VPN), die umgehend von der IPV anerkannt wurde. Zu den Mitgliedern dieser neuen Vereinigung zählten Maurits Katan und August Stärcke sowie die Immigranten Landauer, Reik und August Watermann. Nach van Ophuijsens Emigration 1934 wurde René de Monchy Leiter der VPN. 1938 fusionierten die beiden Gesellschaften wieder unter dem Dach der NVPA, die von nun an auch Laienanalytiker akzeptierte.
Als Österreich 1938 an das nationalsozialistische Deutschland angeschlossen wurde, emigrierten die aus Holland stammende Freud-Analysandin Jeanne Lampl-de Groot und ihr Mann Hans Lampl, beide Mitglieder der DPG und der WPV, aus Wien nach Amsterdam. Sie wurden in die NVPA aufgenommen und trugen wie Landauer, Reik und Watermann entscheidend zur Verbesserung der Ausbildung in der niederländischen Vereinigung bei. 1940 besetzten die Deutschen Holland, und als ein Jahr später den jüdischen AnalytikerInnen die Mitgliedschaft untersagt wurde, löste sich die niederländische Vereinigung auf. Die beiden Lehranalytiker der NVPA, Jeanne Lampl-de Groot und Rik le Coultre, setzten ihre Arbeit in der geheimen Amsterdamschen Psychoanalytischen Werkgroep fort. Reik floh in die USA, de Monchy mit seiner jüdischen Frau Vera Palmstierna nach Schweden, während andere im Versteck überleben konnten, wie Hans Lampl, Max Levy-Suhl und Maurits Katan. Landauer und Watermann wurden deportiert und ermordet.
1945 wurde die Nederlandse Vereniging voor Psychoanalyse (NVPA) wieder gegründet, zu ihren wichtigsten Mitglieder zählten Jeanne Lampl-de-Groot, Pieter Jan van der Leeuw, H. A. van der Sterren, J. Spanjaard und Elisabeth C. M. Frijling-Schreuder. Erster Nachkriegspräsident war H. G. van der Waals. 1946 wurde in Amsterdam das Psychoanalytisch Instituut (PAI) gegründet und ein Jahr später von Anna Freud offiziell eingeweiht. 1947 kam es erneut zu einer Spaltung: Westerman Holstijn und van der Hoop gründeten in Utrecht die Nederlands Psychoanalytisch Genootschap (NPG) neu, die eine weniger orthodoxe Auffassung der Psychoanalyse vertrat als die NVPA und von der IPA nicht anerkannt wurde. 1983 eröffnete die NPG in Utrecht ein eigenes psychoanalytisches Institut, dessen erster Direktor Jan Groen war. Die beiden Institute der NVPA und NPG sind seit 1995 unter dem Dach des Nederlands Psychoanalytisch Instituut (NPI) vereint. 2005 gründeten Mitglieder der NVPA als dritte niederländische IPA-Gesellschaft die Nederlandse PsychoAnalytische Groep (NPAG). 2016 fusionierten die NVPA, die NPG und die NPAG unter dem neuen Namen Nederlandse Psychoanalytische Vereniging (NPaV).
In den 1950er und 1960er Jahre entfaltete sich besonders die Kinderpsychoanalyse in Holland. Seit 1960 hielt Elisabeth Frijling-Schreuder regelmäßig ein Seminar zur Kinderanalyse ab, 1966 wurde dann mit Unterstützung der Hampstead Clinic in London ein Ausbildungszweig für Kinderanalyse eingerichtet. Die NVPA war damals die einzige IPV-Organisation, in der jemand allein aufgrund einer kinderanalytischen Ausbildung Mitglied werden konnte. 1955 wurde das NVPA-Mitglied Th. Hart de Ruyter auf den ersten Lehrstuhl für Kinder- und Jugendpsychiatrie an der Universität Groningen berufen. Mit Groningen erhielt die holländische Psychoanalyse ein weiteres Zentrum neben Amsterdam und Den Haag.
Die Berufung von PsychoanalytikerInnen auf Lehrstühle für Psychiatrie und Psychologie in Amsterdam - wo P. C. Kuiper Professor für Psychiatrie, Frijling-Schreuder Professorin für Kinderpsychiatrie wurden -, Leiden, Rotterdam und Groningen verdeutlichte das Erstarken der niederländischen Psychoanalyse seit den 1960er Jahren. Begünstigt wurde die positive Entwicklung durch das Sozialhilfegesetz, das seit 1967 die Erstattung eines Großteils der Kosten für eine psychoanalytische Behandlung bewilligte. Im Laufe der 1980er Jahre nahm die Bedeutung der Psychoanalyse für die jetzt stärker biologisch ausgerichtete Psychiatrie wieder ab. Auf der anderen Seite wuchs das Interesse an der Anwendung der Psychoanalyse auf anderen Gebieten, wie 1989 die Gründung einer Stiftung Psychoanalyse und Kultur bewies.