Die Schweiz öffnete sich schon sehr früh den Theorien Sigmund Freuds. Ein wichtiger Pionier war hier der Psychiater Eugen Bleuler, Schöpfer von Begriffen wie "Ambivalenz", "Schizophrenie" und "Autismus". 1898 übernahm er von Auguste Forel die Leitung der psychiatrischen Universitätsklinik Burghölzli in Zürich und begann zwei Jahre später, zusammen mit seinem Assistenten Carl Gustav Jung, Patienten psychoanalytisch zu behandeln. Eine der ersten Patientinnen Jungs am Burghölzli war Sabina Spielrein, die nach ihrer Heilung selbst Psychoanalytikerin wurde. Assistenten Bleulers zu dieser Zeit waren auch Karl Abraham und Max Eitingon, die beide eine wichtige Rolle in der psychoanalytischen Bewegung in Deutschland spielen sollten.
1907 wurde in Zürich auf Initiative C. G. Jungs und unter Vorsitz von Bleuler die Gesellschaft für Freudsche Forschungen gegründet, die aus etwa zwanzig Mitgliedern bestand, darunter Max Eitingon, Alphonse Maeder, Franz Riklin und Ludwig Binswanger, der spätere Begründer der Daseinsanalyse. 1910 entstand aus dieser Züricher Gesellschaft die Ortsgruppe Zürich der Internationalen Psychoanalytischen Vereinigung (IPV), ihr erster Obmann war Ludwig Binswanger.
C. G. Jung wurde 1910 zum ersten Präsidenten der IPV gewählt, und Sigmund Freud betrachtete ihn als seinen "Kronprinzen" der psychoanalytischen Sache, bis es 1913 zwischen ihnen zum Bruch kam: Dass Jung den Inzestwunsch wie den ödipuskomplex ablehnte, die sexuelle ätiologie der Neurosen verneinte und die Libido ohne den Sexualtrieb definierte, konnte Freud nicht akzeptieren, ebensowenig wie Jungs spätere Archetypenlehre. Die Zürcher Ortsgruppe trat 1914 aus der IPV aus, Jung gründete seine eigene Schule, die Analytische Psychologie, und die JungianerInnen trennten sich von der psychoanalytischen Bewegung.
Letztere sammelte sich nach dem Ersten Weltkrieg in der 1919 von dem Zürcher Pfarrer Oskar Pfister ins Leben gerufenen Schweizerischen Gesellschaft für Psychoanalyse (SGPsa). Zu den elf Gründungsmitgliedern zählten neben Pfister Ludwig Binswanger, Raymond de Saussure, Emil und Mira Oberholzer, Emma Fürst sowie der durch seine psychoanalytischen Formdeutungen bekannte Hermann Rorschach. Präsident der Gesellschaft war von 1919 bis 1927 Emil Oberholzer. Dieser verließ 1928 die SGPsa und gründete zusammen mit Rudolf Brun die Schweizerische Ärztegesellschaft für Psychoanalyse, die aber nach Freuds Eintreten für die "Laienanalyse" von der IPV nicht anerkannt wurde.
Weitere wichtige deutschsprachige Mitglieder der SGPsa in der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts waren: in Zürich Medard Boss und Gustav Bally, die sich beide der Daseinsanalyse Binswangers - einer Integration der Ansätze von Husserl, Heidegger und Freud - zuwandten; in Bern Hans Zulliger, bekannt vor allem durch seine Spieltherapie, bei der er auf verbale Deutungen weitgehend verzichtete, Ernst Blum und Max Müller; in Basel Philipp Sarasin, der von 1928 bis 1960 Präsident der SGPsa war, und der 1933 aus Frankfurt in die Schweiz emigrierte Heinrich Meng, der als erster an der Basler Universität Psychohygiene lehrte.
Nach dem Zweiten Weltkrieg übertrug der Direktor der Züricher psychiatrischen Universitätsklinik, Manfred Bleuler, den Analytikern Bally und Boss die psychotherapeutische Ausbildung der Klinikassistenten am Burghölzli. Sein Oberarzt Gaetano Benedetti erlernte in den USA die Direkte Psychoanalyse von John Rosen und befasste sich vor allem mit der Therapie von Schizophrenen. Der ungarische Analytiker Leopold Szondi, der sich nach seiner Befreiung aus dem KZ Bergen-Belsen in Zürich niedergelassen hatte, lehrte die Schicksalsanalyse, die auf der Annahme einer unbewussten Genealogie beruht. Jacques Berna setzte in Zürich die Tradition der Kinderanalyse fort. Fritz Meerwein, der an der Universität Zürich lehrte, spezialisierte sich auf Psychosomatik und Psychoonkologie.
1949 fand in Zürich der erste Nachkriegs-Kongress der Internationalen Psychoanalytischen Vereinigung statt.
Besonders bekannt aus der dritten Generation Schweizer PsychoanalytikerInnen wurden Fritz Morgenthaler, Paul Parin und Goldy Parin-Matthèy durch ihre ethnopsychoanalytischen Forschungen. Aus dem "Kränzli", einer Arbeitsgruppe befreundeter Analytiker um Morgenthaler, Parin, Parin-Matthèy und Berna, ging 1958 die erste psychoanalytische Ausbildungsstätte Zürichs hervor, das Psychoanalytische Seminar Zürich (PSZ). Die Ausbildung in der SGPsa war liberaler organisiert als in anderen IPV-Organisationen, so mussten die Kandidaten keine Aufnahmeprüfung ablegen, und die persönliche Analyse eines Mitglieds wurde im nachhinein als Lehranalyse anerkannt. Weitere Demokratisierung forderte 1969 im Zeichen der Studentenbewegung die Gruppe "Plattform", initiiert von linksorientierten Kandidaten, darunter Berthold Rotschild, Sekretär der Platform International, und Emilio Modena.
Nachdem Fritz Morgenthaler als Leiter des Unterrichtsausschusses 1970 die studentische Selbstverwaltung am PSZ eingeführt hatte, kam es zu langwierigen Auseinandersetzungen um die Leitung des Seminars. Sie mündeten 1977 in der Aberkennung des PSZ als Ausbildungsinstitut der SGPsa und der Abspaltung der Mehrheit seiner Mitglieder - darunter Parin, Parin-Matthèy und Morgenthaler -, die das PSZ als unabhängige Körperschaft weiterführten. Die Schriften des PSZ werden seit 1980 im Journal für Psychoanalyse publiziert.
Die SGPsa gründete eine eigene Ausbildungsstätte, das Ausbildungszentrum Zürich der SGPsa, 1987 umbenannt in Freud-Institut Zürich (FIZ). Seit 1979 gibt sie das zweisprachige Bulletin der Schweizerischen Gesellschaft für Psychoanalyse heraus. Psychoanalytische Arbeitsgruppen entstanden außerdem in Bern und in Basel.
Der Psychoanalyse in der französischsprachigen Westschweiz bereiteten die Psychologen Théodore Flournoy und Edouard Claparède in Genf den Boden. Claparède leitete das 1912 von ihm gegründete Jean-Jacques Rousseau-Institut, wo als seine Assistentin Marguerite Sechehaye tätig war, die durch ihre Technik der "symbolischen Wunscherfüllung" bei der Behandlung von Schizophrenen bekannt wurde. 1919 konstituierte sich unter dem Vorsitz Claparèdes der Cercle psychanalytique Genevois, ihm gehörten Charles Odier, Raymond de Saussure, Henri Flournoy, André Repond sowie Pierre Bovet und Sabina Spielrein an.
Die französischsprachigen Psychoanalytiker in der SGPsa bzw. Société Suisse de Psychanalyse (SSPsa) orientierten sich stark an der Psychoanalyse in Frankreich; Saussure und Odier beteiligten sich 1926 an der Gründung der Société Psychanalytique de Paris. Außer in Genf praktizierten Psychoanalytiker damals auch in Neuchâtel und im Wallis, wo André Repond die psychiatrische Klinik in Malévoz leítete und Germaine Guex die erste psychoanalytisch orientierte Beratungsstelle einrichtete.
Nach dem Zweiten Weltkrieg lebte die Westschweizer psychoanalytische Bewegung mit der Rückkehr von Raymond de Saussure 1952 aus den USA wieder auf. Unterstützt durch Germaine Guex, Michel Gressot, Madeleine Rambert und der Kleinianerin Marcelle Spira organisierte er die Ausbildung in Genf und Lausanne. 1969 rief Saussure die Europäische Psychoanalytische Förderation (EPF) ins Leben, als Gegengewicht zum amerikanischen Freudianismus der IPV. Nach seinem Tod wurde 1973 in Genf das Centre de Psychanalyse Raymond de Saussure (CPRS) gegründet, das sich zum psychoanalytischen Ausbildungszentrum der Welschschweiz entwickelte. Neben dem zweisprachigen Bulletin de la Société suisse de psychanalyse erscheint seit 1980, herausgegeben von Mario und Mireille Cifali, die lacanianische Zeitschrift Le Bloc-Notes de la psychanalyse.
In der italienischsprachigen Schweiz organisierte Pier Mario Masciangelo seit 1959 die Ausbildung von Psychoanalytikern. 1969 gründete er das Seminario Psicoanalitico di Lugano, das sowohl mit der Società Svizzera di Psicoanalisi (SSPsa) als auch mit der Società Psicoanalitica Italiana zusammenarbeitet.